基于RNA-Seq的无量山乌骨鸡肝脏组织脂代谢相关基因筛选及其表达分析

摘要：

旨在通过分析不同日龄无量山乌骨鸡肝组织mRNA表达谱,挖掘肝脂代谢相关基因及其所参与的调控通路,并确定部分关键基因在肝发育中的表达特征.本研究采集1日龄(D1)和168日龄(D168)各3只母鸡肝组织样品,利用DNBSEQ平台进行转录组测序,随机选取10个差异表达基因进行RT-qPCR验证.以| log2FC |≥2、Q value≤0.01和差异基因KEGG分析筛选参与脂代谢的差异表达基因,对筛选出的脂代谢相关差异表达基因进行GO富集、KEGG通路和蛋白互作分析.100只雌性雏鸡以出壳体重组间无差异随机分为5组,每组20只鸡,在D1、D42、D84、D126和D168共5个阶段每组随机屠宰2只健康母鸡(n=10),并提取肝组织RNA,RT-qPCR构建部分差异基因mRNA表达谱.结果,筛选出50个与脂代谢相关的差异表达基因,其中38个基因表达上调,12个基因表达下调.差异表达基因主要富集在脂质代谢、氧化还原、脂肪酸生物合成、脂肪酸代谢、胆固醇生物合成和甾醇生物合成等过程;差异表达基因参与了类固醇生物合成、脂肪酸代谢、甘油脂类代谢、不饱和脂肪酸生物合成和PPAR信号通路.蛋白互作分析筛选出SCD、ACSBG2、SQLE、HSD17 B7、LCAT 和LPIN1等关键蛋白基因,通过其mRNA表达量不同参与脂代谢调控.通过转录组测序挖掘出与脂代谢相关的差异表达基因50个,且42个差异表达基因之间存在相互作用关系,该研究结果为进一步解析优质鸡脂代谢相关基因的分子调控提供了理论依据.

关键词：无量山乌骨鸡、RNA-Seq、肝组织、脂代谢、差异表达基因

所属期刊栏目：54

分类号：S831.2(家禽)

资助基金：国家自然科学基金;云南省特色优势重点学科生物学一级学科建设项目;贵州省教育厅特色领域项目

在线出版日期：2023-04-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：976-988