基于芯片数据估计不同方法对槐猪近交系数的影响

摘要：

旨在选取适用的方法评估槐猪群体的近交情况.本试验采用"中芯一号"育种芯片分别计算Fhom1、Fhom2、Fvan1、Fvan2和Fyang来进行247头槐猪(300日龄)个体近交系数的估计,探究SNP数目对近交估计值的影响以及不同估计方法之间的相关性.结果发现,随着SNP数目增加,近交系数Fhom1、Fhom2、Fvan1和Fy-ang的极差逐渐减少,当SNP数目达到10 000时近交系数趋于稳定,与质控后的31 545个SNPs计算的近交系数接近.Fhom1、Fhom2、Fvan1、Fvan2 和 Fyang 的值分别为-0.216 5～0.344 0、-0.354 8～0.321 7、-0.322 8～0.892 1、-0.243 6～0.790 9、-0.189 4～0.543 3.Froh1 和 Froh2 的值分别为 0.008 7～0.406 9 和 0.002 2～0.402 4.通过比较不同基因组近交系数Person相关与Spearman秩相关可知,Fhom1与Fhom2、Froh1、Froh5间有较强的正相关;Fvan2与Fvan1、Fyang间有较强的正相关;Froh1与Froh5间有较强的正相关;而Fhom2与Fvan1、Fvan2呈负相关.由于Froh的取值范围在0～1之间,与系谱近交系数相同,符合近交系数评估习惯;同时,Froh同Fhom、Fvan、Fyang等基因组近交系数评估方式有着一定的正相关,适用度高.SNP密度影响近交系数的评估,其数目与密度充足时,采用Froh进行基因组近交系数评估较为适宜,这可为评估地方猪的近交水平、防止近交衰退、优化选种选配方案提供有利的技术手段.

关键词：槐猪、基因芯片、近交系数、相关性

所属期刊栏目：54

分类号：S828.2(家畜)

资助基金：福建省现代农业生猪产业技术体系建设项目;福州市科技计划项目

在线出版日期：2023-04-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：947-955