不同鸡种胚胎腿肌差异表达mRNA和lncRNA的筛选及其竞争性调控网络的构建

摘要：

旨在筛选藏鸡和大恒肉鸡胚胎期骨骼肌差异表达的mRNA和lncRNA,并构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络,为进一步探讨两个鸡品种骨骼肌生长发育速度的差异机制奠定基础.随机选取已孵化18 d的藏鸡和大恒肉鸡胚胎各3个,采集胚胎腿肌组织进行转录组测序.筛选两个品种中差异表达的mRNAs和lncRNAs,对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,并对lncRNA的靶标miRNA以及靶向mRNA的miRNA进行预测,筛选与肌肉发育相关的mRNA和lncRNA构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络,最后利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对测序结果进行验证.结果显示,共有106个mRNAs在两个品种中差异表达,其中上调表达mRNAs 48个,下调表达mRNAs 58个.差异表达lncRNAs共有28个,其中10个上调,18个下调.差异表达mRNA的GO富集结果显示,骨骼肌细胞分化条目被显著富集,KEGG富集分析中脂质代谢通路被显著富集.lncRNA靶基因的KEGG富集结果显示,在10个显著富集通路中,有基因显著富集于类固醇生物合成和脂肪酸生物合成等与脂质代谢相关的信号通路.筛选与骨骼肌发育相关的差异表达mRNAs和lncRNAs构建了骨骼肌发育相关的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,qRT-PCR结果显示其表达趋势与转录组测序结果一致,证实测序数据准确可靠.本研究筛选出藏鸡和大恒肉鸡胚胎期差异表达的mRNA和lncRNA,并构建了骨骼肌发育相关的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,为揭示不同鸡品种中骨骼肌生长发育的差异性提供理论依据.

关键词：藏鸡、大恒肉鸡、转录组测序、肌肉发育、调控网络

所属期刊栏目：53

分类号：S831.2(家禽)

资助基金：四川省科技计划项目;西南民族大学中央高校基本科研业务费专项资金项目

在线出版日期：2023-01-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共14页

页码：4207-4220