猪SNP液相芯片10K～50K基因型填充效果研究

摘要：

旨在探究低密度液相芯片在生产实践中的实用性,降低育种成本.本试验选用了 3 761头约160日龄,110 kg左右健康大白猪,随机抽取100头大白猪,根据10K芯片标记信息,从50K芯片中抽取标记生成10K芯片,作为填充群体.再从剩余群体中,分别随机抽取800、2 000、3 600个个体作为参考群体,使用Beagle 4.1软件对100头填充群体进行基因型填充至50K芯片,重复10次,以基因型一致性和基因型相关系数来评价基因型填充的准确性.结果表明,10K和50K芯片平均连锁不平衡(r2)程度为0.227和0.258,相差不大.最小等位基因频率(MAF)为0.05是基因型填充准确性的拐点,剔除掉MAF＜0.05标记后,填充准确性明显升高.填充准确性随参考群体规模增大而上升,参考群由800头扩大到3 600头,填充准确性从0.90提高到0.95,10次重复的标准差也从0.006下降到0.002.对于较小的参考群体规模,染色体基因型填充准确性波动较大,随着参考群体规模增大,每条染色体填充准确性相差不大.本研究结果表明,猪液相芯片从10K填充到50K是可行的,可以大规模用于基因组选择,降低基因组选择育种成本.

关键词：猪、液相芯片、基因型填充、分子育种

所属期刊栏目：53

分类号：S828.2(家畜)

资助基金：河北省重点研发计划项目;现代农业产业技术体系;国家重点研发计划

在线出版日期：2022-11-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：3368-3376