不同地方猪重要经济性状关联位点SNP芯片分型及群体遗传结构研究

摘要：

旨在分析四川省7个地方猪种类群和山东省徒河黑猪重要经济性状关联SNP位点基因型分布及群体间遗传结构.本研究采用中芯一号芯片对23头成华猪、26头雅南猪、60头青峪猪、57头内江猪、151头丫杈猪、57头乌金猪(凉山类群)、51头平原藏猪、109头高原藏猪和28头徒河黑猪共562头健康种猪进行了单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析,利用Plink软件对获得的基因型数据进行质控,结合R等软件,统计分析猪7个重要经济性状的基因型;采用Mega X软件进行聚类分析,使用Plink软件进行主成分(PCA)分析,通过VCFtools软件计算猪群间的群体遗传分化指数(Fst),分析群体间遗传关系远近.结果显示,四川省地方猪群体中,采食量、酸肉和应激性状的非优势基因型比例均在2.20％以下;抗仔猪腹泻、料重比(FCR)、公猪精液品质和多肋性状的非优势基因型比例分别为8.99％、11.80％、73.97％和95.32％;徒河黑猪群体中,应激性状已无q等位基因,采食量和酸肉性状的非优势基因型比例较低,均为3.57％;公猪精液品质、抗仔猪腹泻、料重比和多肋性状的非优势基因型比例较高,分别为39.29％、50.00％、82.14％和92.86％;聚类和主成分分析显示,徒河黑猪与四川地方猪种间遗传距离远,丫杈猪、乌金猪、内江猪和藏猪(平原和高原)各自聚为一类,品种间群体分层结构明显,雅南猪、成华猪、青峪猪聚为一类;Fst指数计算结果表明,同属于湖川山地猪的丫杈猪和青峪猪间存在高度遗传分化.结果提示,四川省地方猪群体的采食量、酸肉、应激、抗仔猪腹泻和料重比性状的非优势基因型比例较低,公猪精液品质和多肋性状的非优势基因型比例较高;徒河黑猪群体的应激性状已无q等位基因,采食量和酸肉性状的非优势基因型比例较低,公猪精液品质、抗仔猪腹泻、料重比和多肋性状的非优势基因型比例较高;群体遗传结构研究结果表明,丫杈猪与青峪猪都归类于湖川山地猪有待商榷.

关键词：四川地方猪、徒河黑猪、单核苷酸多态性

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分类号：S828.2(家畜)

资助基金：国家重点研发计划;四川省科研院所基本科研项目;四川省科技创新人才项目;四川省重大科技专项;国家自然科学基金;四川省重点研发项目;四川省科技成果转移转化示范项目;现代农业产业技术体系四川生猪创新团队;现代农业产业技术体系

在线出版日期：2022-11-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：3358-3367