基于WGCNA与GSEA方法挖掘调控中卫山羊羊毛弯曲相关基因

摘要：

旨在探究中卫山羊羊毛弯曲随生长发生变化的分子机制,挖掘不同发育时期影响羊毛弯曲度的关键基因.试验采集了 3只中卫山羊出生后45日龄(弯曲毛)和365日龄(直毛)的皮肤组织,进行转录组测序(RNA-seq),使用WGCNA与GSEA分析找出Hub基因.以P-value＜0.05和|log2FoldChange|≥1作为差异表达基因筛选的标准,45日龄为对照组,365日龄为试验组共筛选得到1 252个显著差异表达基因,包括812个表达上调基因和440个下调基因.基于WGCNA方法分析共得到14个模块,其中黄色和绿松石模块与被毛弯曲表型相关.利用String和Cytoscape构建网络,筛选到20个影响羊毛弯曲度的核心基因.从GSEA结果中筛选的被显著富集通路Hedgehog signaling pathway、JAK/STAT signaling pathway、TGF/BETA signaling pathway 等参与了 毛囊发育调控.综合KEGG、WGCNA、分子网络构建、GSEA分析结果,共同筛选得到基因CCL27、IL7、WNT2,推断这3个基因在调控毛囊发育中起到了关键的调控作用.本研究为进一步阐明动物毛发弯曲的分子机制提供了理论基础.

关键词：中卫山羊、转录组测序、羊毛弯曲、WGCNA、GSEA

所属期刊栏目：53

分类号：S827.2(家畜)

资助基金：农业农村部种业管理司《藏高原区域畜禽遗传资源调查羊》19190665;宁夏自然科学基金项目;现代绒毛用羊产业体系

在线出版日期：2022-11-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共14页

页码：2930-2943