基于SNP芯片监测通城猪的保种效果

摘要：

旨在基于SNP芯片信息分析通城猪保种群的群体结构和遗传多样性,对保种效果进行监测.本研究利用"中芯一号"50K SNP芯片对68头通城猪的全基因组SNP进行扫描,通过以下两方面评估保种效果:1)群体结构.通过群体分层、遗传距离、亲缘关系以及公猪基因组家系等分析,研究通城猪个体间的群体结构;2)遗传多样性.估算等位基因频率、有效等位基因数、多态信息含量、多态性标记比例、杂合度、核苷酸多样性等多态性和杂合性相关参数估计遗传多样性,分析有效群体含量和连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),综合评估保种效果.结果显示:1)保种群无明显分层,遗传距离为0.27,亲缘系数为0.17;2)基因组等位基因频率为0.77,有效等位基因数为1.52,多态信息含量均值为0.31,多态性标记比例为88.28％,观测杂合度为0.32,期望杂合度为0.31;20世代前通城猪有效群体含量为105头,当前世代有效群体含量为94头;ROH共计有184个,平均ROH长度为23.71 Mb,其中28.80％的长度在15～20 Mb之间;基因组近交系数为0.04％,具较低水平的近交程度.通城猪保种群是一个没有分层的纯种群体,具有丰富的遗传多样性,得到了有效保护.

关键词：通城猪、保种、群体结构、遗传多样性

所属期刊栏目：53

分类号：S828.2(家畜)

资助基金：国家自然科学基金31930104

在线出版日期：2022-09-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：2514-2523