利用加权基因共表达网络分析筛选天农麻鸡胴体性状候选基因

摘要：

旨在通过转录组测序(RNA-Seq)与加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analy-sis,WGCNA)筛选慢速型黄羽肉鸡天农麻鸡胴体性状相关候选基因.本研究以104只天农麻鸡为素材,在126日龄时进行屠宰,测定胸肌重等7个胴体性状,采集胸肌组织进行RNA-Seq.基于RNA-Seq数据获得基因表达矩阵后,结合表型进行WGCNA分析,确定目标模块,筛选目标模块的枢纽基因,并分别进行KEGG通路富集、蛋白质互作网络(protein-protein interaction network,PPI)构建和相关性分析.104份胸肌组织RNA-Seq质控后获得15 092个基因的表达量.与胴体表型进行WGCNA,共得到19个模块,其中4个模块与胴体性状极显著相关.功能富集结果表明,目标模块内基因主要富集在ECM-受体相互作用、黏着力等通路.以|Module membership |＞0.8、|Gene significance |＞0.2为标准筛选到58个枢纽基因,并通过PPI网络构建鉴定到5个网络节点基因,整合相关性分析确定COL1A2和SPARC为最重要候选基因.本研究通过大样本量转录组分析,发现ECM-受体相互作用等通路在天农麻鸡胴体性状调控中发挥主要作用,筛选到COL1A2和SPARC是影响全净膛率性状的重要候选基因,研究结果为鉴定选育分子标记,解析胴体性状分子机制奠定理论基础,为慢速型黄羽肉鸡育种提供重要参考.

关键词：天农麻鸡、胴体性状、转录组测序、WGCNA

所属期刊栏目：53

分类号：S831.2(家禽)

资助基金：高层次人才计划;广东省动物分子设计与精准育种重点实验室;广东普通高校动物分子设计与精准育种重点实验室

在线出版日期：2022-08-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：2130-2140