基于RAD-seq静原鸡保种群体的遗传变异分析

摘要：

旨在分析静原鸡白羽、麻羽、黑羽保种群之间的遗传变异,挖掘调控特征性状的关键候选基因.本研究利用RAD-seq技术对180日龄特征明显、发育正常且健康的白羽、麻羽、黑羽静原鸡(每个羽色选取60个个体,40只母鸡,20只公鸡)进行测序,基于SNP标记计算观察杂合度(Ho)、群体内核酸多态性(Pi)、群体的平均近交系数(Fis)等指标,分析静原鸡3个类群的遗传多样性和群体结构,并通过选择性清除分析和全基因组关联分析(GWAS)筛选出候选基因,利用KOBAS对候选基因进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集,最终筛选出调控静原鸡羽色的候选基因.测序结果表明,静原鸡180个样品共产生198.83 Gb Clean Data,Q30达到93％以上.遗传多样性分析表明,白羽、麻羽、黑羽静原鸡分别鉴定出238 533、233 562和240 820个SNPs标记,Ho、Pi和Fis分别在0.273 2～0.278 2、0.304 9～0.309 6和0.096 1～0.109 8之间.群体结构分析表明,静原鸡根据不同羽色分为不同类群.通过选择性清除分析和全基因组关联分析共筛选出11个(FZD4、WNT16、EDNRB、TYR、KRA S、CTNNB1、DDC、MC1R、CAMK2A、PRKCB、PRKCA)与静原鸡羽色相关的候选基因,富集结果显示这些基因主要与黑色素生成、酪氨酸代谢和Wnt信号传导等通路相关.综上所述,本研究利用SNPs标记信息可以全面地评价静原鸡的保种现状,为静原鸡的遗传资源保护奠定理论基础.同时,筛选出了与静原鸡羽色性状相关的候选基因,为静原鸡不同羽色的品系化培育提供新的遗传标记和基因靶点.

关键词：静原鸡、RAD-seq、遗传多样性分析、选择性清除分析、全基因组关联分析

所属期刊栏目：53

分类号：S831.2(家禽)

资助基金：宁夏回族自治区重点研发计划项目;彭阳县科技研发项目

在线出版日期：2022-08-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共14页

页码：2104-2117