牛亚科物种TRs分布特点及着丝粒区卫星DNA进化研究

摘要：

旨在研究牛亚科物种间串联重复序列(tandem repeats sequence,TRs)的分布特点及着丝粒区卫星DNA的进化关系.本研究基于普通牛、瘤牛、牦牛、水牛、野牛、独龙牛6个牛亚科物种的基因组序列,研究了不同物种间TRs的组成、分布及结构特点,并分析了 6个牛亚科物种染色体着丝粒区卫星DNA的进化关系.结果表明:1)TRs在牛亚科物种中平均占比为2.03％,平均长度54.93 Mb,其中普通牛的占比最高3.42％(93.00 Mb),瘤牛最低1.42％(37.88 Mb).2)微卫星DNA在3类TRs中位点数最多,为483 405,占TRs总位点数85.64％,高于小卫星DNA(43 026,7.62％)和卫星DNA(38 180,6.75％).3)通过对微卫星DNA丰度和平均长度分析发现,二碱基微卫星DNA在牛亚科物种中丰度最高,为70.93 loci/Mb,且以AC拷贝类别为主.4)通过构建着丝粒区1.715和1.723卫星DNA的系统发育树发现,1.715卫星DNA普遍存在于牛亚科物种的基因组中,而1.723卫星DNA在牦牛中不存在,两类卫星DNA在不同物种间或不同染色体上存在不同程度分化,具有较明显的种间特异性.TRs在牛亚科6个物种中平均占比为2.03％,微卫星DNA为TRs主要序列,且二碱基微卫星丰度最高,并以AC拷贝类别为主;1.715卫星DNA普遍存在于6个牛亚科物种的基因组中,但在物种间或染色体间存在不同程度分化.本研究结果为牛亚科物种间TRs分布特征及进化关系研究提供了重要理论依据.

关键词：牛亚科;串联重复序列;卫星DNA;进化

所属期刊栏目：52

分类号：S823.2(家畜)

资助基金：国家自然科学基金面上项目31572376

在线出版日期：2021-11-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：2792-2802