10.11843/j.issn.0366-6964.2021.09.023
四川地区藏猪戊型肝炎病毒的检测和遗传演化分析
旨在调查四川地区藏猪戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)的流行情况和遗传演化,作者用RT-PCR法对2018-2020年采集自四川省甘孜藏族自治州和阿坝藏族自治州的22个藏猪场332份藏猪粪便样本进行HEV检测,并对阳性样本进行基因分型.RT-PCR检测结果表明HEV核酸阳性率为20.48%(68/332,95%CI=16.3%~25.2%),22个规模藏猪场中HEV猪场阳性率为77.27%(17/22,95%CI=54.6%~92.2%),健康样本阳性率为2.86%(3/105,95%CI=0.6%~8.1%),腹泻样本阳性率为28.63%(65/227,95%CI=22.8%~35.0%),系统进化分析显示所有阳性株均为G4型.为了进一步研究该地区流行毒株的演化过程,以贝叶斯进化分析软件进行分歧时间估算,结果表明,藏猪流行毒株的分歧时间最早为1999年,最晚为2016年.并分别从每年的样本中挑选1份阳性样本得到全基因组序列,核酸序列相似性为89.5%~93.1%.通过对3条全基因组重组分析发现SWU/301/2019存在重组现象,SWU/301/2019重组区域位于ORF1的3746-4655 bp.本研究首次对四川地区藏猪源HEV进行调查,结果表明四川藏猪中存在一定程度的HEV感染,为四川地区对藏猪感染HEV的防治以及深入研究四川藏猪源HEV遗传变异及生物学特性提供了参考依据.
四川藏猪;戊型肝炎病毒;基因组;遗传分析
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S852.659.6(动物医学(兽医学))
四川应用基础研究计划;甘孜州藏猪戊型肝炎病毒;国家自然科学基金;西南民族大学研究生创新型科研项目
2021-11-08(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
共10页
2599-2608