基于表型和基因组信息评价北京油鸡保种群保种情况

摘要：

旨在利用表型和基因组信息对北京油鸡随机交配保种群体近交系数、有效群体大小进行研究,评价北京油鸡保种群体保种情况.本研究以国家级北京油鸡保种场北京油鸡2019年随机交配保种群体40只鸡为研究对象,对表型记录进行整理,同时利用基因组SNP信息,使用PLINK软件分别计算基于ROH的近交系数(FROH)、基于纯合基因型的近交系数(FHOM)、基于联合配子之间相关性的近交系数(FuNI);使用GCTA和R软件计算基于基因组关系G矩阵的近交系数(FGRM);使用SNeP软件估计北京油鸡历史世代的有效群体大小;使用NeEstimator软件估计基于连锁不平衡方法的当前世代的有效群体大小;使用R软件的PerformanceAnalytics包对FROH、FHOM、FGRM和FuN1等不同算法所得近交系数进行相关性分析,评价北京油鸡的保种情况.结果 显示,1979-2019年以来,北京油鸡保种群体凤冠、胫羽、五趾等典型的外貌特征明显且百分比稳定;保种群有效群体大小从98世代前的595逐渐降至13世代前的176;2019年北京油鸡随机交配保种群体FROH为0.0798,与FGRM显著相关(P＜0.01),且相关系数为0.45;除此之外,FHOM与FGRM,FHOM与FUNI以及FGRM与FUNI之间也存在较高的线性相关.北京油鸡1979-2019年以来近交系数增长缓慢,国家级北京油鸡保种场随机交配保种群体的保种工作是十分有效的.基于目前情况,本研究建议每年随机选取一定数量的北京油鸡随机交配保种群体的个体,进行全基因组二代重测序检测,有利于对保种状况进行动态监控,以便随时调整保种工作方案.

关键词：北京油鸡;资源保护;近交系数;全基因组重测序技术;连续性纯合片段

所属期刊栏目：52

分类号：S831.2(家禽)

资助基金：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金;国家肉鸡产业技术体系

在线出版日期：2021-11-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：2406-2415