基于抗体筛查的美国猪群流行性腹泻病毒真流行率分布推断

摘要：

养殖家畜的冠状病毒,如猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV),其基因序列与蝙蝠体内冠状病毒基因序列高度相似,可引起猪肠道感染并导致仔猪大量死亡,对动物健康危害极大.本研究基于对美国猪群PEDV流行毒株表观流行率的数据挖掘作为先验信息,以2019年美国生猪入境中国西南陆路口岸的实验室抗体筛查为知识更新,利用贝叶斯统计推断方法,估计美国猪群PEDV发生的真流行率分布.结果显示,PEDV在美国猪群中的真流行率分布中位值(median)为0.005 22(95％CI=0.000 424～0.022 5),95％的高置信上限(upper confident limit,UCL)的流行率分布为3％.后验分布流行率高度右偏的概率密度统计特性推断美国猪群PEDV真流行率最大可能分布主要集中在2.5％百分位数(P2.5％=0.000 2)与中位数(P50％=0.005 22)之间,但不同生猪畜群间PEDV真流行率分布值可能会存在有小概率溢出分布大于0.03(P≤2.5％)的可能.此外,在现阶段口岸筛查的试剂选择方面,建议口岸首先使用基于N蛋白的ELISA抗体作为初筛,然后以基于S1重组蛋白ELISA抗体筛查作为复筛,来提高口岸对来自美国生猪的 冠状病毒入境我国的风险认知、管控和鉴别能力.以先验分布和口岸实验室检测结果优化为基础的贝叶斯统计推断监测技术,可以为在现有知识和认知基础上最大程度阻断来自异域病原微生物入侵提供基于科学证据的风险决策技术支持,对口岸检验检疫、抽样监测和风险决策具有突破性的意义.

关键词：冠状病毒;流行性腹泻病毒;先验分布;贝叶斯推断;真流行率;监测技术;风险决策

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分类号：S852.659.6;S851.67(动物医学（兽医学）)

资助基金："十三五"国家重点研发计划2016YFD0501104

在线出版日期：2021-08-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：2013-2024