基于RNA-Seq筛选ALV-J感染汶上芦花鸡肝差异表达致病相关基因

摘要：

为挖掘感染A L V-J汶上芦花鸡的肝差异表达致病相关基因.本研究以汶上芦花鸡为试验素材,分别在42和300日龄进行ALV血液病毒分离检测筛选ALV阴性和阳性个体,对ALV阳性个体有病理变化的肝组织和阴性个体肝组织进行PCR检测,分别选取3只ALV阳性(G1组)和阴性(G2组)个体的肝组织,并对G1组PCR产物测序、聚类分析确定ALV亚型,利用RNA-Seq测序技术筛选差异表达基因,并进行功能分析,利用荧光定量qRT-PCR对部分差异表达基因进行验证.结果表明,G1组样品经PCR检测、PCR扩增产物测序和聚类分析确定ALV为J亚型,转录组分析发现,共有42个差异基因在GO和KEGG中富集,其中,上调基因18个,下调基因24个.随机选取的5个差异表达基因qRT-PCR验证结果与RNA-Seq测序结果相一致.GO分析显示,差异表达基因主要涉及细胞过程、代谢过程、对刺激的反应、免疫系统等;KEGG分析显示,差异表达基因主要富集在细胞过程、信号传导、疾病、新陈代谢等信号通路.本研究通过转录组分析发现了影响ALV-J致病性的多个基因和关键信号通路,为深入了解ALV-J致病的分子机制提供了思路.

关键词：汶上芦花鸡、J亚群白血病病毒、转录组测序、差异表达基因

所属期刊栏目：51

分类号：S831.2(家禽)

资助基金：江苏农林职业技术学院科技项目;江苏省六大人才高峰项目;江苏省属公益类科研院所自主科研经费项目;江苏省重点研发计划现代农业专项;江苏省家禽遗传育种重点实验室资助项目;江苏省高校青蓝工项目

在线出版日期：2020-09-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：2003-2011