8株分离自四川、贵州地区猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株的全基因组特征分析

摘要：

本研究旨在了解近年来我国四川、贵州地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行病学及遗传变异情况,对该地区2016-2018年间采集的8份PRRSV阳性样品进行病毒分离鉴定和全基因组测序,进一步使用RDP4和Simplot生物软件对全基因序列进行重组分析.结果 显示,8个PRRSV毒株全基组全长为15 010～15 321 nt,毒株间相似性为80.9％0～91.7％.NSP2氨基酸分析结果显示,4个毒株表现出与HP-PRRSV毒株一致的30 aa缺失,另外4株表现出与NADC30毒株一致的131 aa缺失.其中,GZgy17表现为“1+19+29 aa”新型缺失模式.ORF5氨基酸分析显示,3个毒株在33位点出现新型的1 aa缺失.遗传重组分析显示,8个毒株表现出PRRSV-2毒株6种不同谱系(Lineage)间的重组方式,分别如下:1)SCnj16:L8+L1;2)SCxyz17:L1+L5;3) SCya18:L1+L3;4)GZgy17:L8+L3;5)SCcd17和SCN17:L1+L8+L5;6)SCcd16和SCya17:L1 +L8+L3.本研究结果表明,我国四川、贵州地区不仅有多种谱系PRRSV毒株并存,其基因组还出现了复杂的遗传重组现象,具有上述复杂基因组的PRRSV毒株在我国的流行状况值得高度关注.

关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒、病毒分离鉴定、全基因组、缺失、重组

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分类号：S852.659.6(动物医学（兽医学）)

资助基金：四川省科技计划项目;四川省科技计划项目;四川省财政运行专项;国家现代农业体系四川创新团队建设;四川省应用基础项目;四川省科技计划重点研发项目

在线出版日期：2020-07-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1382-1390