牛体内囊胚全转录组模式解析

摘要：

旨在解析牛体内囊胚的全转录组模式.本研究选择3头15月龄以上、健康状况良好的泌乳奶牛,采用超排获得体内囊胚,采用单细胞全转录组测序技术检测囊胚mRNA、IncRNA、circRNA转录模式,并采用生物信息学工具对其进行分析.试验获得牛体内囊胚约19 975个mRNAs、12 715个novel lncRNAs及887个circRNAs.mRNA有12种可变剪切方法,以转录起始区域可变剪切(TSS)为主.采用基因本体(GO)和相关信号通路(KEGG)对其分析发现,生物功能主要富集在新陈代谢、细胞膜和蛋白结合、细胞通讯、细胞组织成分、生长发育等功能,Pathway主要富集在细胞周期、膜运输、染色体组织调控等通路;circRNA有6种类型,其中CLASSIC类型circRNA数量最多,这种剪切方式会形成成环的外显子circRNA(EcircRNA).本研究阐明了牛体内囊胚的全转录组模式,为全面了解牛体内囊胚提供了新的思路.

关键词：牛体内囊胚、mRNA、lncRNA、circRNA

所属期刊栏目：51

分类号：S823.3(家畜)

资助基金：国家自然基金面上项目;中国农业科学院科技创新工程;中国农业科学院“科研英才培育工程”

在线出版日期：2020-07-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1271-1280