基于RAD-seq简化基因组测序的19个地方鸡种遗传进化研究

摘要：

旨在基因组水平上揭示地方鸡种的遗传进化,发掘重要种质特性基因.本研究利用简化基因组RAl-seq测序鉴定19个地方鸡种(每个品种按照家系选取30个个体,10公、20母)基因组SNP标记,计算观察杂合度(Ho)、核苷酸多样度(Pi)、近交系数(Fis)、遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)等遗传统计量指标,分析地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,并通过选择信号检测鉴定基因组受选择基因.结果 表明,在19个地方鸡种中鉴定出400 562个SNPs标记.瓢鸡(PJ)和文昌鸡(WC)的遗传多样性最为丰富,观察杂合度(Ho)分别为0.246 8、0.243 0,核苷酸多样度(Pi)分别为0.278 1、0.265 5;河南斗鸡(DJ)的遗传多样性相对匮乏,Ho为0.156 0,Pi为0.175 2;东乡绿壳蛋鸡(DX)和边鸡(BJ)的近交系数最高(Fis＞0.160 0).瓢鸡与文昌鸡、惠阳胡须鸡(HX)、藏鸡(ZZ)、大围山微型鸡(WX),惠阳胡须鸡与文昌鸡,藏鸡与茶花鸡(CH)间的遗传分化最低(Fst＜0.100 0),对应的基因流最高(Nm＞0.240 0).河南斗鸡与其它品种间的遗传分化均处于较高水平,与其中15个品种间的Fst＞0.200 0、Nm＜1.000 0.遗传聚类分析(2个引入品种做外群)将地方鸡种总体上分为5类,与品种形成历史和地理分布基本吻合.通过选择信号分析,在19个地方鸡种合并群体中检测出9个常染色体上的26个区域受到选择作用,包含31个受选择基因.这些受选择基因广泛参与免疫系统调节、生殖机能调控、应激响应、代谢等生物学过程.利用基因组SNP标记能更全面准确地揭示地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,选择作用主要体现在对地方鸡种抗逆抗病特性、配子活力及行为等方面的塑造.

关键词：地方鸡种、RAD-seq、遗传进化、选择信号

所属期刊栏目：51

分类号：S831.2(家禽)

资助基金：江苏省“六大人才高峰”高层次人才项目;江苏省重点研发计划现代农业专项;国家自然科学基金面上项目;江苏省公益类科研院所自主科研经费项目;现代农业产业技术体系建设专项资金;扬州市自然科学基金项目

在线出版日期：2020-05-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：670-678