绵羊全基因组ROH检测及候选基因鉴定

摘要：

旨在利用长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)信息评估不同绵羊群体的近交情况,并鉴定与绵羊经济性状相关的基因.本研究基于Illumina Ovine SNP50芯片对来自10个绵羊群体共440个个体进行全基因组ROH检测,统计ROH在不同绵羊群体中的数目、长度及频率,根据ROH计算基因组近交系数(FROH),并对高频ROH区域进行基因注释.结果,在10个绵羊群体中共检测到25 920个ROH片段,不同绵羊群体ROH的数目、长度、频率及分布存在明显差异.ROH平均数目的变化范围从10.17个(苏尼特羊)到95.99个(杜泊羊),平均长度的变化范围从2.04 Mb(四川藏羊)到4.71 Mb(罗布羊),平均FROH的变化范围从0.010(苏尼特羊)到0.172(杜泊羊).引进品种的(杜泊羊和德美羊)平均FROH明显高于地方品种.在地方绵羊群体中,西藏藏羊(0.085)具有最高的平均FROH.在高频ROH区域鉴定到26个与绵羊经济性状相关的基因,如与生长发育相关的基因NCAPG、LCORL、PRKAA2、FA IM2和HYDIN,与脂肪代谢相关的基因LEPR、WNT10B和NCKAP5L,与肉质及胴体性状相关的基因CDIPT、CAPN3和FGF9.基于ROH评估的近交情况可为绵羊种群育种和保种提供参考依据,鉴定到的候选基因可以作为绵羊标记辅助选择重要的基因.

关键词：长纯合片段、基因组近交系数、高频ROH区域、候选基因、绵羊

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分类号：S826.2(家畜)

资助基金：国家自然科学基金31572357;国家科技支撑项目2015BAD03B0503;中国农业科学院所基本科研业务费2017ywf-zd-10;中国农业科学院牧医所特设项目ASTIP-IAS-TS-6

在线出版日期：2019-09-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：1554-1566