腹泻仔猪肠道病毒组学分析

摘要：

为了解上海周边地区腹泻仔猪肠道病毒组学特征,特别是冠状病毒流行情况,采用病毒宏基因组学方法对6个猪场的90份疑似病毒感染导致腹泻粪样进行检测,并通过Geneious和MEGA7.0等生物信息学软件对获得的完整的α冠状病毒属中的PEDV ORF3基因序列进行遗传进化分析.数据显示,腹泻仔猪肠道病毒群落组成主要由小RNA病毒科(Picornaviridae)(63.67％)、星状病毒科(Astroviridae)(12.68％)、杯状病毒科(Caliciviridae)(4.07％)、细小病毒科(Parvoviridae)(2.51％)等组成.在唯一一个检测出PEDV阳性的猪场中,腹泻仔猪PEDV阳性率高达43.33％(13/30).基因序列遗传进化分析显示,在本研究获得的3个PEDV ORF3基因序列中,有1个属于G2基因型,与其他参考PEDV病毒株相似性较高(96.44％～99.70％);另外2个ORF3基因序列属于G1基因型,相似性相对较低(95.11％～99.41％).与PEDV传统株CV777蛋白序列比较分析发现,除pig-let91株产生F2S突变以外,三株PEDV存在一致性突变,分别如下:V21A、I70M、V79I、F80V、L85I、L92F,这一特性,有可能是PEDV传统株与流行株基因型的鉴别依据.上海周边地区腹泻仔猪肠道病毒组成丰富,在不同猪群中,不同病原感染的情况有所差异,除了PEDV外,星状病毒和杯状病毒也是仔猪腹泻的主要病原.PEDV的ORF3基因与传统分离株相比具有独特的分子特征,新检测到的毒株突变位点与病毒毒力的关系有待于进一步研究.研究结果有助于了解腹泻仔猪肠道的病毒谱,并为仔猪病毒病防控提供一定的基础数据.

关键词：腹泻仔猪、病毒宏基因组学、冠状病毒、猪流行性腹泻病毒、ORF3、突变

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分类号：S851.21(动物医学（兽医学）)

资助基金：上海市科技兴农项目沪农科推字2017第1-11号;国家重点研发计划2017YFC1200203

在线出版日期：2019-04-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：611-619