德州驴NCAPG-DCAF16基因区域多态性与生长性状的关联分析

摘要：

旨在探讨NCAPG-DCAF16基因区域在德州驴群体中的遗传多态性以及与生长性状的关联性,进而得到显著相关的遗传标记,为德州驴的分子标记辅助选择提供理论基础.本研究采用DNA混池测序技术对NCAPG-DCAF16基因区域的多态性进行检测;基于DNA混池测序结果,运用质谱分型技术对227头德州驴群体中的SNPs位点进行基因型检测,分析基因型与初生、3月龄、6月龄3个时期相关生长性状的关联性.结果表明:1)通过DNA混池测序发现,NCAPG基因上的SNPs位点包括第9内含子上rs1 (T＞ C),第11内含子上rs2(A＞G),第19内含子上rs4(C＞G),第8内含子上rs5(C＞G);DCAF16基因第2外显子发现一个同义突变,即位点rs008(A＞G).2)初生时期的关联分析显示,rs1位点基因型CC个体的平均尻长显著高于CT型个体(P＜0.05);3月龄时期各基因型的表型平均值无显著差异(P＞0.05);在6月龄阶段,基因型为TT个体的平均胸宽与CC个体相比差异极显著(P＜0.01),TT和CT基因型个体的平均管围均显著高于CC个体(P＜0.05).3)rs4位点的关联分析揭示了GG基因型个体在初生时期的平均胸深显著高于GC基因型(P＜0.05),3月龄时期各基因型之间的平均表型值无显著差异(P＞0.05);CC基因型个体6月龄时期的平均胸宽和管围显著高于GG基因型(P＜0.05).4) rs008位点关联分析结果表明,各基因型之间初生时期的表型值无显著差异(P＞0.05);AA、GA基因型个体3月龄时期的体重、体高和尻高都显著高于GG基因型(P＜0.05);AA、GA基因型个体6月龄时期的体高和胸围都极显著高于GG基因型个体(P＜0.01),GA基因型与GG基因型个体间的胸深、尻高的差异达到极显著水平(P＜0.01),GA基因型个体的尻宽显著高于GG和AA基因型(P＜0.05).5)根据连锁不平衡分析结果,rs1、rs2、rs4和rs5的组合基因型在德州驴群体中有5种.关联分析结果揭示了TTAACCCC组合基因型个体6月龄时期的平均胸宽显著高于CCGGGGGG组合基因型(P＜0.05).综上,德州驴群体中NCAPG-DCAF 16基因区域5个SNPs位点对生长性状均有显著影响,特别是rs008位点与德州驴体重、体高等重要生长性状极显著相关,可用于德州驴的分子标记辅助选择,提高德州驴育种效率.

关键词：德州驴、NCAPG-DCAF16区域、SNPs、生长性状、关联分析

所属期刊栏目：50

分类号：S822.2(家畜)

资助基金：院企合作研发项目《东阿黑驴重要经济性状功能基因挖掘与鉴定》2016-YF-05

在线出版日期：2019-03-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：302-313