基于高速双倍自助法对蒙古马系统发育树的研究

摘要：

旨在利用高速双倍自助法研究蒙古马系统发育树的问题.本研究选用30匹蒙古马的mtDNA D-loop区碱基序列,其中包括5个蒙古马类群(巴尔虎马、三河马、乌审马、乌珠穆沁马、锡尼河马)各6匹,对其所有105个可能系统树(普氏野马作为外群,6匹)进行分析,利用生物信息学软件Mega6和PAMAL4.9,以最大似然法估计蒙古马的最大似然系统树.最后利用生物信息软件CONSEL、R3.0中的SDBP包等计算105个候补系统树的基于高速双倍自助法的可靠度(speedy double bootstrap P-value,SDBP).结果表明,SDBP值最大的蒙古马系统树共有3个分支,巴尔虎马与乌审马合并为一个分支,具有较近的遗传关系;乌珠穆沁马与锡尼河马具有较近的遗传关系;三河马独立于其他4种蒙古马,构成一个系统发育分支.SDBP值最大的蒙古马系统树与三河马和其他4类蒙古马具有较远的预测血缘关系是一致的,同时此结果的系统树也具有最大似然值.本研究结果还表明,采用最大似然法结合SDBP值分析蒙古马的系统拓扑关系是较最大似然法结合渐近无偏(approximately unbiased,AU)值以及结合自助(bootstrap P-value,BP)值分析蒙古马系统拓扑关系更有效.同时也比非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)有效,而与邻接法(neighbor joining,NJ)得到了相近的结论.上述结果提示,我们的研究结果使蒙古马的进化理论奠定在更坚实的遗传学基础上,可推动蒙古马的进化理论进一步发展与完善.

关键词：蒙古马、普氏野马、高速双倍自助法、系统进化树

所属期刊栏目：49

分类号：S821.2(家畜)

资助基金：内蒙古农业大学博士科研启动基金BJ2014-14;内蒙古自治区自然科学基金2017ZD06,2018MS01006;内蒙古自治区科学技术厅项目201603002;国家自然科学基金31472070

在线出版日期：2018-10-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1861-1869