玉山黑猪两种头型遗传机制的初步解析

摘要：

旨在检测“马脸”型和“狮子头”型玉山黑猪在基因组上的遗传分化信号,结合全基因组关联分析(GWAS),鉴别影响玉山黑猪两种头型的候选基因并探寻其可能的形成机理.本研究选取玉山黑猪国家保种场的24头“马脸”型个体和12头“狮子头”型个体,利用Illumina猪60K SNP芯片对这些个体进行扫描和基因分型.基于60KSNP芯片数据,检测“马脸”型和“狮子头”型两个类群间的遗传分化系数(Fst).同时,进行病例一对照的GWAS分析和连锁不平衡(LD)分析,根据Fst、GWAS和LD分析结果确定重要候选基因.结果表明,两个群体间最强的遗传分化信号位于猪10号染色体,GWAS同样在该区域检测到显著的关联位点.LD及单倍型分析将置信区间锁定在该染色体11.76～12.05 Mb的一段290 kb的区域.本研究基于猪60K芯片数据,通过遗传分化分析、全基因组关联分析和连锁不平衡分析等手段,初步推测RAB3GAP2和IASR2为影响玉山黑猪头型的候选基因,该结果为进一步解析中国地方猪不同头型的形成机制奠定了基础.

关键词：玉山黑猪、遗传分化信号、全基因组关联分析、头型、候选基因

所属期刊栏目：49

分类号：S828.2(家畜)

资助基金：江西省生猪产业技术体系JXARS-01

在线出版日期：2018-09-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1585-1593