利用可变窗口FST方法检测不同尾型呼伦贝尔羊尾部脂肪沉积相关基因

摘要：

旨在挖掘控制绵羊尾型的候选基因,揭示绵羊尾部脂肪沉积机理.本研究利用呼伦贝尔羊两个不同尾型品系的288个个体,其中大尾羊142只和小尾羊146只,基于Illumina Ovine SNP 600K SNP芯片数据计算全基因组单点FST值.通过三次光滑样条估计方法确定可变窗口大小和数量,构建W统计量并进行统计检验,鉴定选择区段和注释相关基因.结果,在基因组范围内共确定了23 144个可变窗口,其中区间最大的窗口位于chr12:35 241 750～43 798 950 bp处,其大小为8.56 Mb,并包含775个SNPs.经检测发现,27个窗口达到极显著水平(P＜0.001),并鉴定了337个候选基因,其中22个是与已发现的脂肪代谢相关的基因.通过GO分析发现,这些候选基因主要富集在细胞内组成成分、有机氮化合物代谢过程以及小分子代谢过程等条目.通过可变窗口FST法能够有效检测到受选择的基因与绵羊尾部脂肪沉积相关.这些基因可以作为绵羊尾型选育的候选基因,为培育短尾绵羊提供重要依据.

关键词：群体分化指数、可变窗口、呼伦贝尔羊、尾型、脂肪沉积

所属期刊栏目：49

分类号：S826.2(家畜)

资助基金：国家自然科学基金31572357;国家科技支撑项目2015BAD03B0503;中国农业科学院所基本科研业务费2017ywf-zd-10;中国农业科学院牧医所特设项目ASTIP-IAS-TS-6

在线出版日期：2018-08-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：1354-1365