猪基因共表达网络模块的构建及功能分析

摘要：

旨在构建猪(Sus scrofa)的基因共表达网络模块,挖掘功能基因.基于权重基因共表达网络分析技术(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),利用猪的多组织转录组测序数据,构建了24个猪的基因共表达模块,并对模块进行生物学过程、KEGG通路、疾病和组织特异性分析.结果显示,模块具有功能特异性,与器官的发育阶段、代谢通路有关,且同一模块中的信号通路间呈现调控关系;模块可富集与代谢、神经系统、癌症相关的疾病基因;模块可定位于特定组织.分析发现,钙调通路、PI3K Akt通路、MAPK通路、泛素介导通路等在模块中呈现关键作用,催产素通路、昼夜节律通路内的相关基因对繁殖调控具有重要作用,SIX1、PRKAG3等基因的局部网络涉及肌肉发育.综上表明,在基因组水平上,构建和分析基因表达调控网络,可为探究中国地方猪品种特有的基因资源信息、丰富分子育种理论,提供新思路和新途径.

关键词：基因共表达网络模块、功能协同性、组织特异性、猪

所属期刊栏目：48

分类号：S828.2(家畜)

资助基金：国家自然科学基金31272416,31560310

在线出版日期：2018-04-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：2205-2215