基于RAD-seq简化基因组测序评价鹿苑鸡不同保种群保种现状

摘要：

本研究旨在评价基因库与保种场两个鹿苑鸡保种群的保种现状.利用RAD-seq简化基因组测序鉴定基因库与保种场两个鹿苑鸡群体的SNP标记,通过计算遗传统计量,比较分析两个群体的遗传差异.结果,经过两步数据质控,在基因库与保种场两个鹿苑鸡群体中分别鉴定出SNPs标记395 021个和428 314个,两个群体的平均杂合度Ho分别为0.211 1和0.206 8,群体间的遗传分化系数Fst为0.005 6;在Structure模型聚类分析中两个群体始终聚为一类,没有个体分离出来,表明两个鹿苑鸡群体未发生显著遗传分化(P＞0.05).两个群体的近交系数Fis分别为0.178 8和0.193 5,相对较高的近交水平可能是由于起始基础群规模较小(抢救性保护)所导致的.进一步的选择信号分析发现,两个鹿苑鸡群体在1、2、5、Z等染色体区域(位点)上存在一定分化,通过Fst和θπ检验鉴定出58个受选择区域,筛选到96个受选择候选基因.GO和KEGG分析表明,这些差异基因主要富集在能量代谢、信号传递、应激免疫反应等调控通路.利用全基因组SNP标记信息可以更全面地评价保种现状,研究结果为进一步优化鹿苑鸡保种技术方案提供了依据.

关键词：鹿苑鸡、简化基因组测序、遗传多样性、保种现状

所属期刊栏目：48

分类号：S831.2(家禽)

资助基金：扬州市自然科学基金项目YZ2016134;扬州市高效农业项目YZ2016051

在线出版日期：2017-11-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：818-825