四川麻鸭mtDNA全序列的克隆和生物信息学分析

摘要：

本研究旨在获得四川麻鸭线粒体DNA基因组全序列(mtDNA),为该遗传资源的保护与利用提供参考.研究参照近缘物种线粒体基因组序列,用Primer 6.0设计引物16对,采用PCR克隆测序技术获得四川麻鸭mtDNA基因组序列.结果表明,四川麻鸭mtDNA基因组全长16 604 bp,碱基组成为A(29.19％)、C(32.82％)、G(15.79％)、T(22.20％),包含22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区(D-loop区).使用在线软件tRNAscan-SE1.21和RNA structure5.6分析发现,22个tRNA基因是标准的4个恒定臂的三叶草二级结构.对四川麻鸭mtDNA基因组D-loop区序列分析发现含有Poly(c)、TAS、E-box、F-box、D-box、Bird-similarity box及CXB1保守框.用MEGA6.0,采用N-J法基于线粒体D-loop区和全序列做进化树,发现四川麻鸭与隆盛鸭血缘关系最近.

关键词：线粒体基因组、四川麻鸭、遗传进化

所属期刊栏目：48

分类号：S834.83;S813(家禽)

资助基金：四川省科技厅应用基础项目2015JY0110;大学生创新性试验项目1510626046

在线出版日期：2017-04-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：436-445