西门塔尔牛饱和脂肪酸含量的低密度芯片基因组预测

摘要：

旨在探索低密度芯片标记的筛选方法并评估不同低密度芯片的准确性.本研究采用BovineHD高密度芯片,检测西门塔尔牛基因组的SNP位点及其与饱和脂肪酸含量的关联性,根据P值或效应值筛选标记构成低密度芯片,使用IBS聚类分组和随机分组进行交叉验证,估计基因组育种值并评估其准确性.结果表明,在14号染色体的MYC基因附近有5个位点与饱和脂肪酸性状显著相关,可考虑作为西门塔尔牛脂肪酸含量的候选基因进行后续研究.根据P值筛选标记并使用IBS聚类分组进行交叉验证时,估计基因组育种值准确性最高,芯片密度达到7K时准确性趋于稳定.因此,本研究发现的标记位点可能对西门塔尔牛的脂肪酸含量存在一定影响,并且为低密度芯片标记位点的筛选提供参考资料.

关键词：全基因组关联分析、基因组选择、低密度芯片、SNP、西门塔尔牛

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分类号：S823.92;S813.3(家畜)

资助基金：农业部专项CARS-38;国家自然科学基金31372294;中国农业科学院科技创新工程经费cxgc-ias-03

在线出版日期：2016-09-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1539-1545