利用SNP标记估计西门塔尔牛亲缘关系系数的准确性

摘要：

本研究旨在利用SNP标记估计西门塔尔牛亲缘关系系数,以期准确确定估计个体间亲缘关系系数所需的SNPs数量.研究以1 059头出生于2008-2012年的西门塔尔牛为试验群体,利用Illumina bovineHD(770 k)芯片,根据最小等位基因频率(MAF)区间,分别选择100、500、1 000、1 500、2 000、2 500和3 000个SNPs用于个体间亲缘关系系数的估计.结果显示,随着标记数目的增多,估计的亲缘关系系数准确性逐渐增加.且当SNP标记数目达到2 500时,所估计的亲缘关系系数与利用所有标记估计的个体间亲缘关系系数差异不显著,二者相关系数达到0.89以上.同时,利用不同等位基因频率区间内标记估计的个体间亲缘关系系数差异不显著.由此可以看出,当所选标记数目达到2 500以上时,可以得到较高的亲缘关系系数估计准确性.本研究为基于SNP标记信息估计亲缘关系系数的进一步研究提供了理论基础,同时为西门塔尔牛群体个体间亲缘关系的研究提供依据.

关键词：西门塔尔牛、亲缘关系系数、SNP、最小等位基因频率

所属期刊栏目：47

分类号：S823;S813.3(家畜)

资助基金：国家自然科学基金31402039;北京市自然科学基金6154032;中国农业科学院基本科研业务费2014ywf-yb-4;农业部物种资源保护畜禽项目F557;中国农业科学院科技创新工程经费cxgc-ias-03;科技支撑计划2011BAD28B04;863项目2013AA102505-4;中国农业科学院院本级增量业务费2013ZL031

在线出版日期：2016-09-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：268-275