RT-PCR-RFLP方法鉴别基因Ⅰ型和基因Ⅲ型日本脑炎病毒

摘要：

建立一种可检测及鉴别基因Ⅰ型和基因Ⅲ型日本脑炎病毒(JEV)的RT PCR-RFLP方法.通过对JEV基因Ⅰ型(GⅠ)和基因Ⅲ型(GⅢ)核酸序列的比对分析,设计1对特异性引物对JEV C-PrM E区域部分基因进行RT PCR扩增,扩增产物经限制性内切酶Spe Ⅰ消化后于15 g·L-1琼脂糖凝胶电泳进行RFLP分析,并利用建立的RT PCR-RFLP方法对78份临床样品进行了JEV的检测及基因型鉴定.结果显示,特异性引物可扩增出长为819 bp的片段,而对猪瘟病毒、猪细小病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒及猪伪狂犬病毒的核酸扩增结果均为阴性.经SpeⅠ酶切,基因Ⅰ型JEV RT-PCR产物被切为568和251 bp 2个条带,基因Ⅲ型JEV RT-PCR产物被切为446、251和122 bp 3个条带,基因Ⅰ型和基因Ⅲ型JEV混合RT-PCR产物被切为568、446、251和122bp 4个条带,该方法最低可检出1.5 pg·μL-1的JEV RNA.RT-PCR-RFLP结果显示78份临床样品中有14份为JEV阳性,其中6份为基因Ⅰ型,8份为基因Ⅲ型,与核苷酸测序分析结果一致.本研究为日本脑炎病毒的实验室诊断及基因Ⅰ型和基因Ⅲ型的鉴别提供了一种快速有效的分子生物学方法.

关键词：日本脑炎病毒、反转录-聚合酶链反应限制性片段长度多态性、基因Ⅰ型、基因Ⅲ型、鉴别

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分类号：S852.659.6(动物医学（兽医学）)

资助基金：四川省科技支撑计划2013SZ0068

在线出版日期：2016-09-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1555-1560