牛和绵羊全基因组微卫星序列的搜索及其生物信息学分析

摘要：

本研究利用MSDB v2.4搜索牛和绵羊全基因组中完整型微卫星序列,并对其进行生物信息学分析.牛基因组共统计了806 272个微卫星位点,其微卫星数量最多的是第1条染色体,其次是第2、3、4、5、6条染色体,数量较少的是第25和28条染色体.绵羊基因组共统计了682 891个位点,其微卫星数量最多的也是第1条染色体,其次是第2、3条染色体和X性染色体,数量较少的是第24、25、26条染色体.通过检验表明,牛和绵羊染色体长度与其所含微卫星数量具有高度正相关性(r＞0.80,P=0.000).牛和绵羊基因组中单碱基重复类型微卫星数量最多(45.33％ vs 44.42％),其次依次是二碱基＞三碱基＞五碱基＞四碱基＞六碱基重复类型.牛和绵羊基因组中微卫星重复拷贝类别数量较多的是A、AC、AT、AGC、ACG、AAC、AAT、AAAT、AAAC和AAAG,而其数量较少的是C、CG、AGT、CCG、ACT、AACG、AAGC、AACC、AACT、ACCG、AGCT、AGCG、CCGG和CCCG.

关键词：牛、绵羊、基因组、微卫星序列、生物信息学

所属期刊栏目：44

分类号：S823;S826(家畜)

资助基金：国家973项目2012CB722207

在线出版日期：2014-03-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1724-1733