山羊卵巢组织繁殖力相关差异表达基因片段的生物信息学分析
为考察山羊多羔性的遗传基础,以不同繁殖力的河北中部本地固有山羊为研究对象,在发情期卵巢组织用差异表达PCR方法筛查到4条基因差异片段作为山羊繁殖力性状候选基因.对这些候选基因进行同源性和转录因子结合位点分析,发现4个差异片段中2条为新发现的表达片段.1条与野猪中获得的克隆片段THY010003E05的同源性为81％,但功能未知.另1条差异片段的序列与牛pcnp的mRNA序列的同源性为94％,并据此对山羊pcnp基因进行PCR扩增、克隆及序列测定.应用生物信息学的相关软件和方法,对山羊PCNP蛋白的理化性质、二级结构、信号肽、核定位序列、磷酸化位点、跨膜区域以及蛋白质功能域等进行预测.结果,山羊pcnp基因完整CDS序列与牛的pcnp基因完整CDS序列同源性为100％,编码区为537 bp,编码179个氨基酸；推测与其他已报道的物种一样,山羊PCNP蛋白也是主要位于细胞核中的亲水蛋白,二级结构以无规则卷曲和α螺旋为主,局部为延伸链和β转角；预测出与PCNP蛋白相互作用的5种蛋白,另外还发现了3个LCR( Low complexity region)区域.由此推测,PCNP在物种间相对保守,而且其最可能在细胞核中行使功能,对细胞周期或某些基因的表达产生影响,进而影响山羊繁殖力.
山羊、繁殖力、差异表达基因、生物信息学
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S827;S814.8(家畜)
河北省自然科学基金C2008000318
2012-08-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共8页
693-700
