利用微卫星和SNP标记信息进行奶牛亲子鉴定的模拟研究

摘要：

本研究旨在比较微卫星标记和单核苷酸多态(SNP)标记进行奶牛亲子鉴定的效率.研究中随机模拟了10 000对含微卫星或SNP标记信息的非亲子关系的个体,用排除法进行亲子鉴定,该过程重复100次.结果表明,标记的多态性对于排除概率的影响最大.达到同样的排除概率,所需低多态标记数量远高于高多态标记.当真实母亲基因型已知时,个体父亲的推断效率较高.达到同样的排除概率,无论标记多态性高或低,3种鉴定类型所需SNP标记数量均大于微卫星标记.当SNP和微卫星标记的平均杂合度为0.484和0.875时,需要的SNP标记数是微卫星标记的5～6倍;当SNP和微卫星标记的平均杂合度为0.363和0.566时,需要的SNP标记数约是微卫星标记的2倍.在2种标记中,达到同样排除概率(大于0.99),采用至少2个矛盾推断原则推断所需标记数为单个矛盾推断原则的1.45倍.结果表明,由于SNP标记具有误判率低、重复性高和易于高通量自动化检测等特点,随着检测成本降低,SNP标记将来完全有可能取代微卫星标记用于奶牛群体的亲子鉴定.

关键词：奶牛、SNP、微卫星标记、亲子鉴定、排除概率、模拟

所属期刊栏目：42

分类号：S813.3(普通畜牧学)

资助基金："十一五"国家科技支撑计划课题2006BAD04A01,2006BAD01A10,2008BADB2B03;国家奶牛产业技术体系专项资金

在线出版日期：2011-06-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：169-176