猪传染性胃肠炎病毒SCY株3'端8.5kb片段的克隆及序列特征分析

摘要：

根据GenBank的核酸序列,设计6对引物自TGEV SCY株中分别扩增了长为1.5 kb、2.0 kb、1.1 kb、1.4 kb、1.4 kb、1.3 kb的6个片段,经克隆测序拼接后获得8 495 bp的TGEV部分序列.根据与其他TGEV和冠状病毒的序列和结构特征比较表明,该段序列克隆了除TGEV聚合酶基因以外的S、M、N、E、NSP3a、NSP3b、ORF7共7个基因的核酸序列;根据S、M、N基因的序列构建了系统进化树,分析表明TGEV-SCY株与TS、HN2002、TO14、pudue等毒株亲缘关系较近;密码子偏爱性分析结果认为TGEV在对密码子的使用上存在轻微的偏向性,个别氨基酸偏向于选择以A和T结尾的密码子.

关键词：猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、M基因、S基因、N基因、克隆、生物信息学

所属期刊栏目：38

分类号：S852.659.6(动物医学（兽医学）)

资助基金：教育部长江学者和创新团队发展计划IRT0555

在线出版日期：2007-03-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：66-71