银屑病患者肠道菌群多样性分析:单中心前瞻性研究

摘要：

目的 探讨银屑病患者与健康人群肠道菌群多样性的差异.方法 收集2017年5月至2018年6月间在中国医学科学院皮肤病研究所住院治疗的银屑病患者(银屑病组)及同期本院健康体检人群(健康组)的新鲜粪便标本,分析受试者相关临床资料.提取肠道菌群DNA,采用16S rDNA基因扩增和Illumina平台双端2×300策略测序,基于Gold数据库按>97％的相似性聚类操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU),对照Silva数据库进行物种注释及分类,各层级样本采用轶和检验分析物种差异;QIIME软件计算α多样性主要指数、 β多样性分析,t检验分析指数差异,P<0.05为差异有统计学意义.相关研究结果通过R及GraphPad Prism作图展示.结果 符合入选和排除标准的11例银屑病患者及21例健康对照者入选本研究,两组研究对象的性别构成比、 年龄和体质量指数无统计学差异(P均>0.05).DNA测序分析显示样本测序覆盖深度>0.99.银屑病组肠道菌群的OTU数量(278.18±89.75比722.95±152.81,t=10.36,P<0.01)、 赵氏指数(433.38±147.47比1156.08±292.50,t=9.291,P<0.01)、 香农指数(3.56±0.87比5.73±0.78,t=6.972,P<0.01)和辛普森指数(0.79±0.15比0.94±0.04,t=3.287,P<0.01)均显著低于健康组.Rank-Abundance曲线显示银屑病组肠道菌群均匀程度较低.PCoA分析(unweighted)显示银屑病组与健康组在第一主成分(24.35％)可显著分离,Weighted UniFrac分析可见银屑病组混杂在健康样本中无法区分,且与银屑病亚型无关.样本聚类分析显示,银屑病组肠道菌群与健康组有一定重叠性,银屑病样本特异性菌群少;在门层级,健康组中可检测到TM7,相对丰度为0.0000669(0.0000334～0.0002005),而银屑病组仅在个别样本中显示有微量存在,相对丰度为0(P<0.05);在属层级,银屑病组双歧杆菌属[0.0000334(0.0000167～0.0001003)比0.0004011(0.0002005～0.0013370)]、 布劳特氏菌属[0.0004679(0.0001838～0.0004345)比0.0022060(0.0009359～0.0055820)]、粪球菌属[0.0000334(0～0.0004011)比0.0009025(0.0003342～0.0053150)]较健康组显著降低,健康组中的戴阿利斯特杆菌属和嗜血菌属仅在银屑病组个别样本中微量存在,克雷伯氏杆菌属在健康组和银屑病组个别样本中存在,但在银屑病组的相对丰度更低,接近0(P均<0.05).个体样本高丰度菌群分析显示,银屑病组个别样本中多糖及短链脂肪酸代谢相关菌群的相对丰度降低.结论 银屑病患者肠道菌群多样性低于健康人群.

关键词：银屑病、肠道菌群、16SrDNA、测序

所属期刊栏目：10

分类号：R372;R758.63(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：中国医学科学院医学与健康科技创新工程项目资助 CIFMS-2017-12M-1-017

在线出版日期：2019-06-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：223-230