基于GSEA和WGCNA分析幽门螺杆菌感染机制

摘要：

背景幽门螺杆菌在世界范围内感染率高,参与胃溃疡、胃恶性肿瘤等多种疾病的发生发展,亟需对其感染及致癌机制进行研究.目的通过基因集富集分析(GSEA)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)预测幽门螺杆菌感染的可能分子机制及枢纽基因.方法 从基因表达综合数据库(GEO数据库)下载GSE27411数据集,通过GSEA分析与幽门螺杆菌感染相关的通路.利用WGCNA分析与幽门螺杆菌感染相关模块及枢纽基因,并对模块内的基因进行GO和KEGG富集分析.使用GEPIA对枢纽基因表达水平与胃癌的生存预后进行探索.结果 通过GSEA分析挑选出10条hallmark通路和13条KEGG通路.通过构建WGCNA共表达网络,确定brown模块与幽门螺杆菌感染密切相关,该模块内的基因富集得到16个生物学过程及19条KEGG相关通路.GSEA和WGCNA交集得到4条KEGG通路.对模块基因筛选得到TNF、KIF2C、RRM2、CHEK1、PLK1、RAD51、CENPA、ASF1B共8个枢纽基因.利用GEPIA探索发现,KIF2C、RRM2、CHEK1、PLK1、RAD51、CENPA、ASF1B在胃癌组织中高表达,其中ASF1B与胃癌患者较差的总生存期及无疾病生存期相关.结论 本研究通过GSEA和WGCNA分析方法,筛选出与幽门螺杆感染相关的4条核心KEGG通路,1个枢纽模块及8个枢纽基因.

关键词：幽门螺杆菌、RNA-seq、GSEA、WGCNA、数据挖掘、枢纽基因

所属期刊栏目：25

分类号：R573.6(消化系及腹部疾病)

资助基金：国家自然科学基金;广东省科技计划重大科技专项;广东省基础与应用基础研究基金

在线出版日期：2020-06-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：305-310,324