共表达网络分析筛选肾透明细胞癌进展相关基因

摘要：

目的 筛选肾透明细胞癌进展相关基因.方法 通过构建共表达网络筛选肾透明细胞癌进展相关基因并进行初步验证.结果 基于GSE36895数据得到2173个差异基因用于构建共表达网络.通过共表达网络确定与肾透明细胞癌进展最相关的棕色模块(r=0.52)为枢纽模块,进一步筛选得到6个枢纽基因TOP2A、CDK1、CDC20、KIF11、CCNB2、BUB1.通过测试集GSE73731数据对枢纽基因进行验证,各枢纽基因表达量与肾透明细胞癌进展均呈显著正相关(P<0.0001);其中CDC20、BUB1对于低级别(gradeⅠ 、Ⅱ)及高级别(gradeⅢ 、Ⅳ)肾透明细胞癌有较高的诊断效能(AUC>0.7,P<0.0001).另外基于TCGA数据,各枢纽基因表达量与肾透明细胞癌病理分期及预后均显著相关.GO富集及KEGG通路分析显示枢纽模块基因显著富集于细胞周期相关生物过程及通路.GSEA显示枢纽基因高表达组主要富集于细胞周期及免疫相关通路.结论 通过WGCNA构建共表达网络筛选得到的6个枢纽基因与肾透明细胞癌进展及预后密切相关,枢纽基因可能通过细胞周期相关通路来影响肾透明细胞癌进展及预后.

关键词：肾透明细胞癌、加权基因共表达网络分析、基因芯片、枢纽基因

所属期刊栏目：23

分类号：R737.11(肿瘤学)

在线出版日期：2019-01-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：910-916