肾透明细胞癌相关基因及通路的筛选及生物信息学分析

摘要：

目的 运用生物信息学方法鉴别肾透明细胞癌(ccRCC)发生发展过程中的潜在靶基因及信号通路.方法 从GEO网站下载基因芯片GSE53000的数据集,用R软件识别肾透明细胞癌和正常肾组织之间的差异表达基因,并对差异表达基因进行层次聚类分析.然后用DAVID网站对差异基因进行基因本体(Gene ontology)分析和KEGG通路富集分析,最后用STRING网站和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,同时从中筛选出最具有意义的模块,并将其中的基因作为枢纽基因.结果 与 正常肾组织相比,共计1 175个基因在肾透明细胞癌中差异表达,其中533个基因高表达,642个基因低表达.基因本体分析显示与这些差异基因相关度最高的10个生物学过程分别是细胞粘附、白细胞迁移以及炎症反应等,KEGG分析结果显示最显著的10条信号通路包括补体和凝血级联通路、细胞粘附分子通路以及细胞因子-细胞因子受体互作通路.从PPI网络中共挑选出20个枢纽基因,其中有12个与炎症反应过程相关.结论 被鉴别出来的12个基因很有可能在肾透明细胞癌的发病过程中发挥重要的作用,可能在将来被用作人类肾透明细胞癌的治疗靶点和/或诊断标志物.

关键词：肾透明细胞癌、生物信息学、差异基因、枢纽基因、诊疗靶点

所属期刊栏目：22

分类号：R737.11(肿瘤学)

资助基金：国家临床重点专科建设项目2012

在线出版日期：2017-12-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：861-865,873