共表达网络分析筛选肾透明细胞癌进展和预后相关基因

摘要：

目的 挖掘肾透明细胞癌(ccRCC )进展和预后相关基因. 方法 通过加权基因共表达网络分析(WGCNA )和蛋白相互作用(PPI)网络分析筛选与ccRCC进展和预后相关的枢纽基因. 结果 在加权共表达网络和 PPI网络中均发现与ccRCC 进展密切相关的3个常见基因(VWF 、T EK和FL T1) .基于数据集GSE53757 、RNA测序数据和人类蛋白质图谱数据库的分析发现,各枢纽基因在正常肾脏和 ccRCC 中其转录和翻译水平上的表达存在显著差异.在测试集GSE53757和RNA测序数据中,3个枢纽基因均与ccRCC进展呈负相关( P＜0.05 ) .受试者工作曲线显示,所有枢纽基因均可区分局限性(病理分期Ⅰ／Ⅱ)和非局限性(病理分期Ⅲ／Ⅳ) ccRCC (曲线下面积＞0.5 ,P＜0.05) .此外,基于RNA测序数据的生存分析发现,这些基因可能是ccRCC的预后生物标志物. GO富集分析显示,枢纽模块基因在血管生成相关通路中显著富集.基因集富集分析显示,枢纽基因低表达组主要富集于与免疫相关的通路. 结论 3个枢纽基因(VWF 、TEK和FLT1)参与ccRCC的进展和预后,其可能对ccRCC的临床诊断、治疗和预后具有重要意义.

关键词：肾透明细胞癌、加权基因共表达网络分析、蛋白相互作用、枢纽基因

所属期刊栏目：11

在线出版日期：2019-10-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：227-232,237