环状RNAs翻译功能研究方法的建立

摘要：

环状RNAs(circular RNAs,circRNAs)翻译功能的发现改变了 circRNAs作为非编码RNA的传统认识,研究circRNAs的翻译功能是circRNAs生物学功能研究领域中的一个新方向.该文旨在建立一种circRNAs翻译功能的研究方法.该研究基于胃癌患者癌组织和血浆circRNAs芯片检测结果,筛选同步变化的circRNAs,利用开放阅读框查找器(open reading frame finder,ORF finder)和编码潜力评估工具(coding-potential assessment tool,CPAT)分别检测上述circRNAs是否存在开放阅读框架(open reading frame,ORF)和翻译的可行性;随后使用内部核糖体进入位点查找器(internal ribosome entry site finder,IRES finder)和circRNADb数据库分析circRNAs是否存在内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site,IRES),进而采用基于序列特征的多物种m6A强大预测(robust prediction of N6-methyladenosine sites with sequence-based features in multiple species,M6AMRFS)和基于序列的RNA腺苷甲基化位点预测器(sequence-based RNA adenosine methylation site predictor,SRAMP)等工具筛选circRNAs是否含有m6A修饰位点;最后通过交集分析,筛选出可能具有翻译功能的circRNAs.结果显示,7种circRNAs可能具有翻译功能,其中hsa_circ_0001479同时具有IRES和m6A介导的翻译功能;hsa_circ_0001278、hsa_circ_0001439和hsa_circ_0000220可能通过IRES介导翻译,而hsa_circ_0001017、hsa_circ_0008351 和hsa_circ_0004406可能通过m6A介导翻译.该研究为探讨circRNAs是否具有翻译功能提供了参考依据,对所选择的分析方法的可行性通过构建过表达质粒和Western blot加以验证.结果表明,该研究建立了 一套具有可行性的circRNAs翻译功能研究方法.

关键词：环状RNAs、翻译、生物学功能、实验技术

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资助基金：宁波市科技创新团队项目批准号:2017C110019

在线出版日期：2021-06-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1021-1028