基于转录组测序芒果抗细菌性角斑病SNP/In Del分析

摘要：

旨在挖掘与芒果抗细菌性角斑病紧密联系的SNP/In Del位点,以进一步揭示芒果抗细菌性角斑病的遗传多样性和分子机理.试验材料为细菌性角斑病高抗品种'热农1号'和高感品种'凯特',分别对两个品种接病菌后0 d、2 d、6 d的果皮进行转录组分析,以基因组'红象牙'作为参考,鉴定并分析芒果中SNP/In Del位点的特征.结果表明,'凯特'和'热农1号'分别获得32.77 Gb和36.83 Gb的数据量,每个样本过滤后的Q30均高于90％.将reads比对到芒果参考基因组上,两个品种共检测到1 213 112个SNP位点,62 888个In Del位点,主要分布在内含子区、外显子区、基因间区和基因上下游区域.SNP中转换位点和颠换位点分别为751 006个(61.91％)和462 106个(38.09％),其中转换型中A-＞G略多,而A-＞T在颠换型中占多数;In Del位点插入和缺失分别每个样本平均有18 769和25 015个.生物信息学分析表明,全部的SNP和In Del位点所在的差异基因,主要参与分子功能有代谢途径、应答刺激和生物学调控等过程.

关键词：芒果、细菌性角斑病、转录组测序、单核苷酸多态性、插入缺失标记

所属期刊栏目：33

分类号：S667.3;S852.61;Q943.2

在线出版日期：2024-02-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：148-155