番茄红素合成调控基因SISGR1的分子特征及sgRNA分析

摘要：

旨在明确番茄S1SGR1基因的分子特征及其sgRNA的分布,为利用CRISPR/Cas9技术对S1SGR1及其上游启动子序列进行定点突变或片段删除、调控S1SGR1 的表达为提高番茄果实的番茄红素含量提供技术支持.利用Blast分析番茄红素合成调控基因S1SGR1的分子特征,结果表明S1SGR1基因位于番茄第8号染色体,含4个外显子和3个内含子,编码区长度为819 nt,编码272 aa,其中48～200 aa为典型的stay-green superfamily保守结构域.基于对RNA-seq建立的S1SGR1数字表达谱分析表明,S1SGR1呈果实特异性表达,在植株的根、茎、叶等部位不表达.利用在线工具CRISPRdirect分析表明,S1SGR1外显子区域含有PAM为NGG的sgRNA有64条,其中1条为番茄全基因组上唯一邻近PAM 12 nt特异性最高的种子序列,预示该sgRNA可用于番茄不同品种S1SGR1基因的靶向编辑并可有效避免脱靶效应.对S1SGR1上游1 500 bp启动子序列分析表明,该序列含有2条番茄全基因组上特异性较好的唯一 sgRNA序列,7条分别含有不同顺式元件的sgRNA,意味着选用这些sgRNA进行基因编辑,可使所含的启动子元件序列发生突变致使功能变化,以提高番茄红素含量.

关键词：番茄、S1SGR1、分子特征、启动子、sgRNA

所属期刊栏目：31

分类号：Q794

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金;兵团科技人才创新计划;科技计划

在线出版日期：2022-08-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1017-1024