样本数量和终质量浓度对DNA混合池PCR扩增质量和测序效果的影响

摘要：

为筛选适宜的DNA混合池法,采用两因素交叉分组设计,以混合样本数量(20、60和150个)和终质量浓度(50、100和150 ng/μL)为组合因子,分析不同混合池对PCR扩增质量及SNPs检出率的影响.结果 表明:在同一混合样本数量下,以终质量浓度100 ng/μL建立的DNA混合池扩增的PCR产物纯度和OD260/OD280均优于50 ng/μL,但对测序结果无显著影响;以终质量浓度150 ng/μL建立的DNA混合池扩增的PCR产物杂带较多,不符合测序要求.在同一混合样本终质量浓度下,混合样本数越多,SNPs检出率越高.综上,从PCR扩增质量、SNPs检出率和试验成本来分析,以混合样本150个、终质量浓度100 ng/μL组合建立的DNA混合池效果最好.

关键词：DNA混合池、样本数量、终质量浓度、早胜牛、PCR扩增、SNPs

所属期刊栏目：28

分类号：S813.3(普通畜牧学)

资助基金：甘肃省重点研发计划-农业类17YF1NL052

在线出版日期：2019-07-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：681-685