谷子类甜蛋白基因家族的鉴定与密码子偏性分析

摘要：

类甜蛋白在植物的生长发育和抵御胁迫过程中发挥作用.利用生物信息学方法对谷子类甜蛋白家族基因组成、结构、启动子顺式作用元件、密码子使用偏性等进行分析.结果表明,谷子类甜蛋白家族包含43个成员,分布在9条染色体上,分为3种基因结构类型,其中16个成员仅包含1个外显子,14个包含3个外显子成员的内含子相位均为1-2型.根据系统发育分析归为12个聚类组,聚类组5中的基因主要来自Ⅲ号染色体,聚类组6中的基因主要来自Ⅰ号染色体,其内含子相位多为1-2型,这些基因可能来自同一祖先基因,与进化过程中的染色体重组事件有关.88.4％的基因参与应激反应,多个基因启动子区含有激素和胁迫响应元件,说明该家族基因在植物抵御胁迫过程中发挥作用.多数基因有效密码子数(ENC)较小,密码子的第3位的G+C含量(GC3s)值分布集中,包含10个最优密码子,均以G或C结尾,表明谷子类甜蛋白家族基因密码子使用偏性强,基因表达潜力高,进化过程中主要受自然选择压力影响.

关键词：谷子、类甜蛋白、聚类分析、密码子偏性

所属期刊栏目：27

分类号：S515(禾谷类作物)

资助基金：国家自然科学基金31460179;云南省高校科技创新团队项目[云教科201414号].National Natural Science Foundation of China31460179;Yunnan Province University Science and Technology Innovation Team ProjectYunnan Education Science201414

在线出版日期：2018-03-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：52-61