利用超级集群分离分析法鉴别大豆增变基因

摘要：

[目的]利用大豆基因组Wm82.a2.v1及HapMap数据来鉴别大豆中可能存在的增变基因.[方法]将大豆HapMap数据(包含19 652份大豆种质在52 041个位点上的分型结果)预处理后,利用改进的超级集群分离分析法,选取滑动窗口大小、步长及阈值大小为参数,对预处理后的大豆种质数据进行分析,测算大豆点突变比率及突变热点区数目,并将点突变比率及突变热点区数目与分子标记进行关联性分析,从强关联区内挖掘候选增变基因,用大豆基因组Wm82.a2.v1对其功能进行初步推测.[结果]大豆HapMap数据预处理后,15 391份大豆种质点突变比率为0.089～0.531,平均变异率为0.261;突变热点区数目为5～1 324个,平均每份种质包含347.8个突变热点区.超级集群分离分析结果表明,Gm16上的29 153 474-30 604 603 bp和Gm17上的12 133 293-12 147 725 bp片段为与点突变比率和突变热点区数目2个表型同时存在强关联的区域;其中Gm16上的Glyma16g26440.1和Gml7上的Glyma17g15420.1同属于nudix水解酶基因家族,推测其与基因组突变有关.[结论]Glyma16g26440.1和Glyma17g15420.1 2个nudix水解酶基因家族成员都与点突变比率和突变热点区数目存在强关联,可作为大豆基因组候选增变基因.

关键词：大豆、突变热点、增变基因、超级集群分离分析、nudix水解酶基因

所属期刊栏目：44

分类号：Q319.32;S565.1(遗传与变异)

资助基金：南阳师范学院科研基金项目ZX2015012

在线出版日期：2017-03-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：64-72