女性骨关节炎患者外周血单个核细胞基因表达谱的生物信息学分析

摘要：

目的 通过生物信息学方法分析中老年女性骨关节炎(osteoarthritis,OA)患者与正常人(NC)外周血单个核细胞(PBMCs)基因表达谱差异,探索血液中OA的诊疗靶点.方法 从GEO数据库中下载GSE48556数据集.用R语言筛选出OA和NC之间的差异表达基因.利用基因集合富集分析(GSEA)获取目的基因子集;通过DAVID对其进行GO和KEGG通路分析.用STRING和Cytoscape软件构建PPI网络,Mcode和centiscape插件进行模块分析,Cytohubba筛选出关键基因.结果 GSEA分析及P.adjust<0.05&|log2FC|>0.2筛选出292个目的基因,其中上调81个,下调211个,对其进行GO富集分析主要集中在"NIK/NF-κB的调节"、"单核细胞增殖"、"凋亡信号通路的调控"、"TNF介导的信号通路"、"Wnt信号通路的调控"、"MAP激酶活性的调节"和"自噬的调节"等生物功能上;KEGG主要富集在以下4条通路:自然杀伤细胞介导的细胞毒性、TNF信号通路、MAPK信号通路和细胞凋亡.利用PPI网络及相关插件筛选出MAPK1、IL10、PTGS2、IL18、GSK3B、NFKBIA、TNFRSF1A、EGR1八个核心基因与OA炎症和细胞凋亡高度相关.结论 通过生物信息学分析发现OA和NC的PBMCs基因表达差异集中在细胞凋亡和炎症反应,使其成为OA的诊疗靶点.

关键词：骨关节炎、外周血单个核细胞、基因集合富集分析、凋亡、炎症

所属期刊栏目：43

分类号：R684.3;R318(骨科学（运动系疾病、矫形外科学）)

资助基金：重大疑难疾病中西医临床协作试点项目

在线出版日期：2022-05-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：373-382