应用液体芯片-飞行时间质谱技术筛选血清中肺癌标志蛋白
目的 应用液体芯片-飞行时间质谱系统分析肺癌与对照组血清差异表达蛋白,筛选肺癌标志蛋白.方法 将105例肺癌患者和90例对照者[44名正常人,46例良性肺疾病(BLDs)]的血清随机分成训练组(肺癌和对照各60例)和验证组[肺癌45例(早期13例,晚期32例),对照30例(正常及BLDs各15例)].应用ClinProt及相关分析工具软件ClinProTools结合遗传算法(GA)等生物统计学和生物信息学方法分析上述195份血清.进行归一化平滑处理总离子流图(TIC),消除化学及电物理噪声;分析组间差异蛋白并计算差异大小,后按差异大小由大到小排列;应用GA对各差异蛋白的敏感性及特异性进行初步评价,建立判别模型并验证.结果 比较肺癌及对照血清蛋白表达谱时共发现98个差异蛋白峰.质荷比(m/z)分别为1865.81u和4054u的蛋白在两组间差异最大,且这两种蛋白在肺癌组各样品谱图中的丰度大于正常对照组;以蛋白1865.81u为X轴,4054u为Y轴建立坐标系(坐标值代表相应蛋白丰度),观察样品分布,可见两组样品混杂差区域较小,说明这两种蛋白的区分肺癌和对照(正常人和BLDs)的能力良好.应用GA,以训练组数据建立判别模型时,系统筛选出一个由m/z分别为3192.08、2862.55、4643.49、5336.64、3954.88、9288.98u及4209.64u的7个特征峰组成的诊断模型.以验证组数据进行交叉验证时,该模型对肺癌及对照的识别率分别为82.22%(37/45)和80.00%(24/30),对早期肺癌的识别率为76.92%(10/13).鉴定所得到的m/z分别为1778、1865、4209u蛋白峰,得出前两个蛋白峰均为C3f,而4209u则为真核细胞肽链释放因子.结论 肺癌患者与正常人及BLDs患者血清蛋白质表达谱之间存在差异;使用ClinProTools结合GA等生物信息学方法有望筛选出肺癌诊断标志蛋白.
液体芯片质谱技术、肺癌、诊断、血清蛋白组学、ClinProt系统
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R734.2(肿瘤学)
国家自然科学基金资助项目30570795;教育部新世纪优秀人才支持计划项目NECT-06-0845
2011-04-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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