猪粪便中戊肝病毒实时荧光RT-PCR定性检测方法的建立及其分子流行病学特征

摘要：

目的 建立以TaqMan探针为基础的戊肝病毒(HEV)实时荧光RT-PCR检测方法和构建系统发育树,对戊肝病毒进行基因分型,检测中国部分省市猪场的猪粪便样本HEV污染水平.方法 参照GenBank HEV基因型序列,针对HEV保守区设计引物和探针,优化反应体系,建立实时荧光RT-PCR和巢式RT-PCR检测体系.结果 建立的HEV实时荧光RT-PCR检测方法的灵敏度为19.9拷贝/μL,扩增效率92.9％ ～ 109.1％,与札如病毒(Sa)、诺如病毒(Nov)、甲肝病毒(HAV)均不发生交叉反应.荧光RT-PCR检测猪粪便样本342份,其中HEV阳性样本210份,阳性率61.4％,育肥前阳性率56.6％,育肥后阳性率66.9％,育肥前后样本阳性率差异具有统计学意义(x2=24.8,P＜0.05);经基因分型鉴定体系测定阳性毒株基因型均为HEV-4型,且存在4b、4d、4h三种基因亚型.结论 中国部分省市猪场中HEV感染普遍,基因型均为HEV-4型,各省市猪场感染率和基因亚型存在差异.

关键词：戊型肝炎病毒、实时荧光RT-PCR、巢式RT-PCR、猪粪便

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分类号：R183;R512.6;S858.28(流行病学与防疫)

资助基金：国家重点研发计划No.2018YFC1602703

在线出版日期：2020-08-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：545-551,559