基于差异基因表达谱的Microbacterium sp.XT11降解黄原胶潜能挖掘

摘要：

为挖掘微杆菌(Microbacterium sp.)XT11在黄原胶降解过程中起关键作用的功能基因,预测黄原胶降解通路,利用转录组测序技术对该菌株在不同碳源培养条件下的转录本进行测序,对差异基因进行功能富集分析.结果表明,菌株XT11以葡萄糖为对照组,以黄原胶为碳源时可获得上调差异基因213个.显著上调的基因主要富集在聚糖降解、淀粉和蔗糖代谢途径、ABC转运、苯丙氨酸代谢、丙酮酸代谢五个KEGG途径.碳水化合物活性酶(Carbohydrate-active enzymes,CAZymes)功能注释表明,位于同一基因簇上的4个CAZymes基因和黄原胶降解直接相关,其余的CAZymes基因具有潜在的黄原胶降解活性.此外,预测到磷酸转移酶系统(phosphotransferase system,PTS)和ABC转运途径(ABC transporters)参与了胞外黄原胶降解中间产物的跨膜转运.挖掘了菌株XT11中黄原胶降解过程中的功能基因,并阐述了菌株XT11的黄原胶降解通路.

关键词：Microbacterium sp.XT11、黄原胶降解、转录组、差异表达基因、富集分析

所属期刊栏目：43

分类号：Q936(微生物学)

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金;辽宁省教育厅科学技术研究项目;辽宁省教育厅科学技术研究项目

在线出版日期：2023-04-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：20-31