10.13344/j.microbiol.china.170228
意大利蜜蜂幼虫肠道内球囊菌及其纯培养的高表达基因差异分析
[背景]球囊菌是一种典型的蜜蜂真菌性病原,特异性地侵染蜜蜂幼虫.目前,有关球囊菌在侵染过程中的基因表达规律的信息极为有限.[目的]通过深入分析胁迫意大利蜜蜂(意蜂)幼虫肠道的球囊菌及其纯培养的高表达基因(HEGs)差异,探索球囊菌在胁迫意蜂幼虫肠道后期与胁迫前的基因表达规律.[方法]利用RNA-Seq技术对球囊菌胁迫的意蜂6日龄幼虫肠道(AamT)及球囊菌纯培养(AaCK)进行深度测序,根据FPKM值筛选得到球囊菌的HEGs,进而通过GO (Gene ontology)及KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析、Venn 分析对上述HEGs进行功能预测和生物学意义挖掘.[结果]AaCK与AamT的转录组测序共得到105 447 578条原始读段(Raw reads),经过滤得到88 466 344条有效读段(Clean reads),两端平均Q20为97.50％,平均Q30为93.81％.GO富集分析结果显示,AaCK的HEGs富集于26个GO terms,基因富集数最多的是细胞(22 Unigenes),其次是细胞组件(22 Unigenes)和代谢过程(21 Unigenes);AamT的HEGs富集于22个GO terms,基因富集数最多的是催化活性(23 Unigenes),其次是细胞进程(18 Unigenes)和代谢过程(18 Unigenes). KEGG代谢通路(Pathway)富集分析显示,AaCK的HEGs 富集在109个Pathways上,基因富集数最多的是核糖体(179 Unigenes),其次是氨基酸生物合成(70 Unigenes)和碳代谢(62 Unigenes);AamT的HEGs富集在1 14个Pathways上,基因富集数量最多的是核糖体(178 Unigenes),其次是碳代谢(116 Unigenes)和氧化磷酸化(112 Unigenes). Venn分析结果显示,AaCK与AamT共有的HEGs有260个,二者特有的HEGs分别为2 161个和4 445个.[结论]提供了胁迫意蜂6日龄幼虫肠道的球囊菌及其纯培养的HEGs表达谱,揭示了球囊菌在胁迫前和胁迫后期的基因表达规律,也为阐明球囊菌致病的分子机理提供了有益的信息和线索.
RNA-Seq、意大利蜜蜂、幼虫肠道、球囊菌、高表达基因
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The Earmarked Fund for China Agriculture Research SystemCARS-44-KXJ7;Science and Technology Development Fund of Fujian Agriculture and Forestry UniversityKF2015123;National Undergraduate Innovation and Entrepreneurship Training Program 201610389016现代农业产业技术体系建设专项资金CARS-44-KXJ7;福建农林大学科技发展基金KF2015123;国家级大学生创新创业项目201610389016
2018-04-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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