我国2002-2016年间鸡传染性支气管炎病毒基因组序列重组分析

摘要：

[目的]传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)主要引起鸡群呼吸道与肾脏疾病,是影响养禽业重要的病毒性病原之一.了解我国IBV的流行及基因重组情况.[方法]收集GenBank中我国2002-2016年间分离的92株IBV S1基因及55株IBV基因组序列,并对这些序列进行比对分析.[结果]IBV S1基因序列分析结果表明,2002-2016年间我国流行的92株IBV可以分为13个基因型,包括QX、4/91、Mass、tl/CH/LDT3/03、CK/CH/LSC/99Ⅰ、TW-Ⅰ、TW-Ⅱ、TC07-2、Ck/CH/LDL/97Ⅰ、N1/62-associated、Arkansas、New-Ⅰ及一个新鉴定的基因分支Ncw-Ⅱ.值得注意的是,属于美国相关基因分支的ck/CH/LSD/110712已在我国出现.RDP4方法进行重组分析显示,新出现的基因分支New-Ⅱ病毒S1基因来源于tl/CH/LDT3/03型与QX型毒株重组,我国2002-2016年间流行的55株IBV中有52株IBV基因组存在重组事件,其中25个IBV分离株基因组中发现有疫苗型(Mass,tl/CH/LDT3/03及4/91型等)病毒基因组片段的重组,这一结果在SimPlot分析中进一步得到确认.[结论]根据生物信息学分析结果,证明流行于我国的IBV基因型众多,疫苗毒株基因频繁参与了IBV基因重组,导致IBV新的基因型或变异株出现,提示在防控IB时要注意合理使用IBV疫苗.

关键词：传染性支气管炎病毒、基因型、基因组、重组、疫苗

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分类号：S85;F62

资助基金：National Basic Research Priorities Program of China2013FY113300-4;National Key Research and Development Program of China2016YFD0500803;The Priority Academic Program Development of Jiangsu Province Higher Education Institutions;Jiangsu Province Co-innovation Center for Prevention and Control of Important Animal Infectious Diseases and Zoonoses 国家基础研究计划项目2013FY113300-4;国家重点研发计划项目2016YFD0500803;江苏省优势学科项目;江苏省动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心项目

在线出版日期：2018-01-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：2942-2950